Apartamenty papieskie to miejsce szczególne dla całego Sanktuarium.Z racji przyjazdu Jana Pawła II do licheńskiego Sanktuarium, do istniejącego już klasztoru księży marianów dobudowano skrzydło, w którym na pierwszym piętrze przygotowano dla papieża apartament. Jego powierzchnia to 57,7 m². Składa się z pięciu pomieszczeń: jadalni (obecnie zamienionej na salę wystaw, gdzie można zobaczyć m.in. dary Jana Pawła II dla Sanktuarium), kaplicy, gabinetu, sypialni i łazienki. Na czas wizyty Ojca Świętego, w kaplicy znajdowało się tabernakulum umieszczone w małej drewnianej kapliczce. Na ścianie kaplicy umieszczono stacje Drogi Krzyżowej, namalowane na szkle. Meble stanowiące wyposażenie apartamentów papieskich, wykonane zostały z litego drewna dębowego bez użycia gwoździ – łączone „na jaskółcze pióro”.Aktualnie apartamenty stanowią małe muzeum. Z roku na roku powiększa się zawartość biblioteki poświęconej Janowi Pawłowi II. Podłogi drewniane wymagały renowowacji. Wykonała je firma Gepetto Bajeczne Podłogi z Konina. Do zabezpieczenia podłóg został użyty olej nawierzchniowy HartzLack EX-1.